Obowiązujące przepisy nie określają czasu przechowywania dokumentacji przebiegu nauczania niepublicznej szkoły, a w związku z tym określa ją organ prowadzący dla poszczególnych rodzajów szkolnej dokumentacji, co wpływa na to, że okresy archiwizacji mogą się różnić w poszczególnych placówkach. Możliwe jest ustanowienie obowiązku przechowywania części dokumentacji przez 5 lat (np. dzienniki lekcyjne; dokumentacja dotycząca organizacji roku szkolnego – tygodniowe rozkłady zajęć lekcyjnych i pozalekcyjnych, księgi zastępstw; dotycząca imprez, wyjść i wycieczek); 10 lat (ubezpieczenia uczniów, wypadki uczniów), 25 lat (np. dokumentacja dotycząca organizacji pracy – plany i programy nauczania, wychowania, kształcenia; dokumentacja dotycząca zewnętrznego nadzoru pedagogicznego; księga uczniów; arkusze ocen). Niektóre dokumenty mogą zostać zniszczone po zakończeniu roku szkolnego po ich wykorzystaniu, np. usprawiedliwienia nieobecności, zwolnienia z wychowania fizycznego.