Sposób rozliczania dotacji określa uchwała organu dotującego, która może wymagać gromadzenia i okazania w toku kontroli wydatkowania dotacji faktur, rachunków, potwierdzeń przelewów itp. W związku z tym należy się zapoznać z odpowiednią uchwałą. Ponieważ rozliczenie dotacji dotyczy wydatków poniesionych w danym roku kalendarzowym, należy zgodnie z uchwałą gromadzić wymaganą dokumentację dotyczącą takich wydatków od początku roku (art. 35 ust. 3, art. 36 ust. 1, art. 38 ust. 1 ustawy z dnia 27 października 2017 r. o finansowaniu zadań oświatowych, Dz.U. z 2017 r., poz. 2203 ze zm.). Organ dotujący co do zasady nie powinien żądać okazania do kontroli podatkowej księgi przychodów organu prowadzącego poza przypadkiem np. podejrzeń, że ten sam wydatek mógł zostać podwójnie sfinansowany z różnych źródeł – np. przez rodziców oraz został jednocześnie wykazany jako poniesiony z dotacji (art. 36 ust. 1 i 2 UoFZO).